PCR lagi

Sudah hampir jam 8 malam di sini, satu mesin PCR dengan sampel-sampel anoa masih sibuk menaikturunkan suhunya, melipatgandakan sejumlah rantai DNA. Mesin itu akan berhenti sekitar pukul 9 malam nanti…

Kalau primer (rantai pendek DNA) yang digunakan tepat, dan bisa mengikat dan melipatgandakan rantai DNA yang saya cari.. maka selesailah pencarian saya selama ini..

Untuk mengidentifikasi tiap individu anoa, digunakan rantai microsatellite DNA, yaitu rantai DNA netral yang tidak terpengaruh seleksi alam tetapi tinggi tingkat mutasinya. Akibatnya, tiap individu anoa memiliki DNA microsatellite yang berbeda-beda panjangnya. Rantai DNA microsatellite dapat dikenali dengan dua basis DNA yang berulang cukup panjang, misalnya GAGAGAGAGAGAGAGA atau CTCTCTCTCTCTCTCT. Untuk ‘menangkap’ rantai DNA microsatellite dan memperbanyaknya melalui PCR, diperlukan pasangan primer yang tepat, yang terikat dengan baik di kedua ujung rantai microsatellite.

Nah, dua bulan terakhir, saya ‘asik’ mendisain rantai primer tersebut. Untuk menyelsesaikan pekerjaan anoa ini, saya butuh 20 pasang primer yang tepat dan dapat mengikat rantai microsatellite tertentu. Selama ini, baru 4 dari 20 pasang yang saya butuhkan, berhasil dengan baik mengikat rantai microsatellite.

Sepanjang siang dan sore tadi, ada 13 pasang primer yang sudah diPCR-kan, dan malam ini, ada 6 pasang lagi yang masih berusaha melipatgandakan rantai DNA di mesin PCR sampai jam 9 malam nanti.

Hasilnya?

Hasil PCR bisa kita lihat pada media agar-agar. Running gel istilahnya di sini. Butuh beberapa jam untuk running gel semua hasil PCR saya hari ini. Tetapi saya memutuskan untuk menundanya sampai hari Rabu, karena besok saya mau jalan-jalan ke kota lain, menyelesaikan Chapter 4 yang sudah berbulan-bulan tak tentu bentuknya itu…

Jadi, doakan saja, semoga hari Rabu nanti.. saya dapat hasil seperti gambar di bawah ini. Dan saya bisa merayakannya dengan meloncat-loncat dan menari-nari di sepanjang koridor lab..😀

(microsatellite DNA-nya yang berupa garis-garis putih di bagian bawah gambar. Sebagai catatan: result like this, can definitely make your day!).

3 thoughts on “PCR lagi

  1. Bagaimana postingan ini bisa masuk kategori ‘nothing serious’?
    Baca pun perlu mikir😀 Tanya Bu! Kenapa sampe perlu 20 primer? Emang 4 aja gak cukup ya….

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s