I give up PCR

Pada hari ini, Jumat 25 April 2008, pukul 16.00 waktu Hull, Inggris, saya menyatakan “give up” atas pekerjaan primers optimisation dan PCR.

Sampai kapan?

Haha, paling hanya sampai supri saya kembali dari jalan-jalan di hutan Filipina hari Senin besok

Pink

Entah kenapa, saya yang tidak pernah suka warna pink (tapi suka sekali warna ungu), tiba-tiba merasa fresh kalo melihat warna pink. Mungkin karena saya lagi full of love kali ya   Maka, jadilah blog ini juga berwarna PINK! Ada pilihan lain: hijau cerah yang cantik dan abu-abu, tapi entah kenapa, pink jadi pilihan ha ha..

PCR lagi

Sudah hampir jam 8 malam di sini, satu mesin PCR dengan sampel-sampel anoa masih sibuk menaikturunkan suhunya, melipatgandakan sejumlah rantai DNA. Mesin itu akan berhenti sekitar pukul 9 malam nanti…

Kalau primer (rantai pendek DNA) yang digunakan tepat, dan bisa mengikat dan melipatgandakan rantai DNA yang saya cari.. maka selesailah pencarian saya selama ini..

Untuk mengidentifikasi tiap individu anoa, digunakan rantai microsatellite DNA, yaitu rantai DNA netral yang tidak terpengaruh seleksi alam tetapi tinggi tingkat mutasinya. Akibatnya, tiap individu anoa memiliki DNA microsatellite yang berbeda-beda panjangnya. Rantai DNA microsatellite dapat dikenali dengan dua basis DNA yang berulang cukup panjang, misalnya GAGAGAGAGAGAGAGA atau CTCTCTCTCTCTCTCT. Untuk ‘menangkap’ rantai DNA microsatellite dan memperbanyaknya melalui PCR, diperlukan pasangan primer yang tepat, yang terikat dengan baik di kedua ujung rantai microsatellite.

Nah, dua bulan terakhir, saya ‘asik’ mendisain rantai primer tersebut. Untuk menyelsesaikan pekerjaan anoa ini, saya butuh 20 pasang primer yang tepat dan dapat mengikat rantai microsatellite tertentu. Selama ini, baru 4 dari 20 pasang yang saya butuhkan, berhasil dengan baik mengikat rantai microsatellite.

Sepanjang siang dan sore tadi, ada 13 pasang primer yang sudah diPCR-kan, dan malam ini, ada 6 pasang lagi yang masih berusaha melipatgandakan rantai DNA di mesin PCR sampai jam 9 malam nanti.

Hasilnya?

Hasil PCR bisa kita lihat pada media agar-agar. Running gel istilahnya di sini. Butuh beberapa jam untuk running gel semua hasil PCR saya hari ini. Tetapi saya memutuskan untuk menundanya sampai hari Rabu, karena besok saya mau jalan-jalan ke kota lain, menyelesaikan Chapter 4 yang sudah berbulan-bulan tak tentu bentuknya itu…

Jadi, doakan saja, semoga hari Rabu nanti.. saya dapat hasil seperti gambar di bawah ini. Dan saya bisa merayakannya dengan meloncat-loncat dan menari-nari di sepanjang koridor lab..

(microsatellite DNA-nya yang berupa garis-garis putih di bagian bawah gambar. Sebagai catatan: result like this, can definitely make your day!).

Raising si Kuse

A story written 13 years ago… (damn, am I that old already )

I remember, the first thing I asked my colleague when I was offered to conduct a study about bear cuscus was: “Do they bite?” “Can I hug them ?”, hoping that I wouldn’t just observe them from a distance but also had a chance to touch the animal. And I never imagine that it could really happen to me. Instead of just touching them, I could really hug one of that cutest creatures I’ve ever known…

It was mid may 1995. It was the second month of my field work and I began to feel homesick and a little bit lonely when a friend gave me a surprise gift. A special one in fact, because it turned to be my most unforgettable memory.

It was put in a closed basket. I knew it was an animal but I did not have any idea of what it was. My friend opened the basket for me and said “Surprise.!!!”, but oops.. nothing there, and I saw a panic face in front of me instead. Then I also began to panic, disappointed and there was a big question mark in my head, what was going on? But before we could think of something, we suddenly heard some strange harsh screeches sound from across the room. “There it is!” said my friend, and I found my surprise gift.

Di antara nge-lab, thesis dan nge-blog

Obrolan suami istri lewat YM

Istri : Aku lagi nulis Chapter 4 thesis ni, musti kelar akhir bulan ini

Suami : Emang udah berapa persen kelarnya?

Istri : ummm… 25%-lah kira-kira

Suami : ooo.. Lha kalo keseluruhan thesisnya, udah kelar berapa persen?

Istri : hehe.. 10%

Suami : Ya oloh….

Riset itu seperti….

 

*Mendisain sebuah eksperimen penelitian itu seperti… melukis.

Sebuah pekerjaan seni.

*Mengerjakan eksperimen itu seperti… memasak.

Pekerjaan profesional yang bertujuan dan fokus.

*Menulis hasil eksperimen itu seperti…

menulis surat permohonan maaf yang penuh alasan…

 

Sumber: pinjam dari majalah lama di lab (Lab Times 4, 27 Nov 2006)

Lagu PCR

Ini ada lagu khusus untuk PCR, Polymerase Chain Reaction, sebuah teknik untuk memperbanyak DNA sehingga bisa dianalisa dan dibaca.

Jumlah DNA yang didapat dari sampel biasanya sangat sedikit, karena volume tiap sampel yang dikoleksi biasanya juga sangat sedikit, sehingga DNA yang didapat dari sampel harus diperbanyak sampai jumlah yang bisa dibaca.

Dengar saja lagu tentang PCR (dari iklan mesin PCR) ini, pasti anda jadi lebih tahu PCR itu apa

Silakan cek juga liriknya, kalau mau lebih jelas lagi

The PCR Song by Scientists for Better PCR

There was a time when to amplify DNA,
You had to grow tons and tons of tiny cells.
(Oooh) Then along came a guy named Dr. Kary Mullis,
Said you can amplify in vitro just as well.

Just mix your template with a buffer and some primers,
Nucleotides and polymerases too.
Denaturing, annealing, and extending,
Well it’s amazing what heating and cooling and heating will do.

[Chorus]
PCR when you need to detect mutation (detect mutation)
PCR when you need to recombine (recombine)
PCR when you need to find out who the daddy is (who’s your daddy?)
PCR when you need to solve a crime (solve a crime)
[x2]

[Advertisement]
(PCR) To all the scientists out there doing PCR, Bio-Rad salutes you with the all-new 1000 series thermal cycling platform.

***

Iseng posting tentang PCR? Ya enggak isenglah, lha wong hari-hari saya di sini selalu full of PCR. That is what I am now. Karena PCR-lah saya jadi lab geek buat sementara ha ha